ボンゴはコンパクトで手軽に持ち運びができるパーカッションなので、私もそうですが、ソフトケースを利用されている方が多い楽器です。
ボンゴはコンガやジェンベ等とは締め金具の構造が異なり、チューニングボルトが底面から出ているため、ヘッドを上にした状態ではラバーチップを付けていたとしてもケースには負担がかかります。
ソフトケースに収納する場合は、ヘッドを下にした状態で収納しましょう。底面が薄いケースの場合は、タオル等を敷くと良いでしょう。
最近では、4〜5千円で厚めのクッションが入っているケースも販売されているので、是非ご利用くださいね。